Haren artxiboa hiru ataletan banatzen da: Gutuneria da lehena, orduko euskal idazle ia guztien gutunak aurki daitezke; Euzko Gogoa aldizkarian argitaratutako artikuluen jatorrizko bertsioak eta bestelako materialak; eta Zaitegiren beraren lanen jatorrizko bertsioak.
Euskaltzaindiak Jokin Zaitegi euskal idazle, itzultzaile, irakasle eta apaizaren (1906-1979) dokumentu-bilduma sarean jarri du. Zaitegik modu askotara sinatu zituen bere lanak: Udalaizpe, Artzai, Zaitegi´tar Iokin eta beste hainbat. Bere garaian mota askotako lanak egin bazituen ere, batez ere euskal kulturaren eragile eta bultzatzaile gisa nabarmendu zen; Euzko Gogoa (1950-1959) aldizkaria izan zen emaitza nagusia, baina ez bakarra, zeren ugariak baitira haren eskutik jalgitako fruituak: poesiak, saiakerak, artikuluak eta, bereziki, itzulpenak.
Euskararen Akademiaren arabera, “lan horietan guztietan, bi elementu hauteman daitezke: euskaltzaletasun sutsu bat, fede kristau sakonarekin batera. Hirugarren elementu bat ere erantsi daiteke: Filosofia eta Teologiarako maitasuna. Izan ere, Zaitegiren euskaltzaletasunak herri xehearen hizkuntzatik edaten zuen, baina helburutzat zeukan elite euskaltzale bat sortzea, herria gidatuko zuen elite bat. Horretarako euskal unibertsitate bat behar genuen, alegia, goitik behera euskaraz funtzionatuko zuen unibertsitate bat, horra Euzko Gogoaren giltza, horra Sofoklesen, Euripidesen edo Platonen itzulpenen arrazoi sakona, euskal unibertsitate horretarako materialak sortzea, giro bat mamitzea euskaldunen artean”. Zentzu horretan, “esan daiteke haren bi saiakera nagusiak, Bidalien egiñak (1955) eta Platon´eneko atarian (1962) elkarren osagarriak direla. Eta esanguratsua da Sofoklesen Antigone (1933) izatea haren lehen itzulpen handia, eta bizitzako azken proiektua, Platonen elkarrizketak itzultzea, biak baitira teologo kristauen artean berebiziko interesa sorrarazi duten lanak”.
Platonena Euskaltzaindiak argitaratu zituen, sei tomotan (1975-1989). “Erraldoi baten lana, zinez”, adierazi du.
Zaitegik betidanik izan zuen harreman handia Euskaltzaindiarekin, bizitzaren azken urteotan oraindik gehiago estutu zena, zeren zahartuta eta gaixorik, Oñatiko zaharren egoitzan babestu zenean, Luis Villasante eta beste euskaltzain batzuk joaten zitzaizkion bisitan.
Hil eta gero, haren ondarea bitan banatu zen: biblioteka Arrasateko Udalak hartu zuen (han dago ordutik) eta artxiboa Euskaltzaindiak.